Franklyn er et moderne eventyr, der udspiller sig i to parallelle verdener - i vor tids London og Meanwhile City ¿ en futuristisk fantasy metropol med et religiøst præstestyre. Her leder den hævnlystne detektiv Preest (Ryan Phillippe) efter sin ærkerival, mens den sønderknuste Esser leder efter sin søn i Londons gader. Den unge Milo (Sam Riley) bliver forladt ved alteret og er desperat efter at vende tilbage til den første uskyldsrene kærlighed. Og så er der Emilia (Eva Green), en smuk kunststuderende, der skaber kunst med sine selvmordsforsøg. Det hele foregår parallelt i London og Meanwhile City, men snart vil de to verdener mødes og en enkelt kugle vil afgøre alles skæbner...