Filmen handler om en ung dreng, der bliver ven med en mærkeligt udseende guldfisk, som han kalder Ponyo. Ponyos største ønske er at leve blandt menneskene med den fyr, hun holder af, men havets kræfter, som antager mange former, gør deres for at holde hende fra landjorden. Som om det ikke var nok sætter Ponyos egensindighed en ældgammel forbandelse fri, og pludselig er hele verden i fare.