I tegnefilmen 'Hjertets hvisken' går 14-årige Shizuku Tsukishima på Mukaihara Junior High School og bor i Tokyo med sine forældre. 

Hun er lidt af en bogorm og elsker at skrive. Hendes nysgerrighed sættes på en prøve, da hun opdager, at alle hendes biblioteksbøger har været udlånt til den samme person ved navn Seiji Amasawa. 

En dag møder hun Seiji, som har evnen til både at irritere og charmere hende - ofte på samme tid. Seiji har også en usædvanlig ambition om at bygge violiner i Italien, og hun møder tilmed hans venlige bedstefar, der ejer en antikvitetsforretning. 

Én genstand i butikken fanger hendes opmærksomhed: en sært udseende statue af en kat med glitrende øjne. Da Seiji tager af sted for at udleve sin italienske drøm, begynder Shizuku at skrive en historie om katte-statuen. 

'Hjertets hvisken' er den eneste spillefilm, den dygtige animator Yoshifumi Kondô nåede at instruere, før han døde i 1998. Inden da havde han arbejdet på titler som 'Ildfluernes grav' (1988) og 'Porco Rosso' (1992). 

'Hjertets hvisken' bygger på Aoi Hiiragis mangategneserie fra 1989 og vises med original japansk tale.