I filmen 'The Bourne Legacy' forsøger CIA at undgå en politisk skandale.

Efter Jason Bournes afsløring af den hemmelige Operation Treadstone, der skabte superagenter uden fri vilje, beslutter CIA sig for at lukke projektets efterfølger, Operation Outcome, ned. Og med det menes, at alle agenter og personale skal likvideres omgående!

En af Outcome-agenterne, Aaron Cross (Jeremy Renner), flygter sammen med Dr. Stephanie Snyder (Rachel Weisz), som har været med til at skabe de overmenneskelige agenter. CIA-agenten Byer (Edward Norton) sætter nu alt ind for at finde det undslupne Outcome-par.

'The Bourne Legacy' følger op på handlingen i de tre succesrige film med Matt Damon som Treadstone-agenten Jason Bourne. Den er dog ikke baseret på Eric van Lustbaders roman af samme navn, der udkom i 2004 og som fulgte op på Robert Ludlums bogserie.

Derimod introduceres en ny superagent, der ifølge filmen er endnu mere hårdfør end Bourne. Jeremy Renner, der spiller Cross, er kendt fra den Oscar-vindende krigsfilm The Hurt Locker (2008) samt actionfilmene Mission: Impossible - Ghost Protocol (2011) og The Avengers (2012).

Han spiller over for Rachel Weisz (The Whistleblower) og Edward Norton (American History X).