Filmen 'Eksperimentet' handler om sygeplejersken Gert (Ellen Hillingsø), der i 1951 bliver udnævnt til forstander for et helt særligt børnehjem under den danske stat i Grønland.

Børnehjemmet skal huse 16 nøje udvalgte grønlandske børn, som efter et års dannelse i Danmark nu kommer hjem og skal udsluses i det grønlandske samfund som forbilleder.

Gert, der er enlig og ikke selv har familie, tager imod opgaven med stolthed. Hun er idealistisk og ambitiøs og brænder for at hjælpe Grønland ud af armoden.

Midlet er at skole og danne de 16 børn i det danske sprog og den danske kultur, så børnene kan danne fortrop for resten af Grønlands omvending fra fattigt jægersamfund til en ligeværdig del af Danmark.

I sin blinde tro på eksperimentet undervurderer hun børnenes åbenlyse personlige omkostninger. Og da både børnene og den danske stat svigter hende, bliver det sværere og sværere at bevare idealismen.

'Eksperimentet' er baseret på virkelige hændelser.