Vi befinder os i midten af det 21. århundrede i et tilsyneladende afslappet, men kontrolleret og overvåget bymiljø.

Lincoln Six-Echo håber, som alle andre, at blive udvalgt til at komme til ”The Island” – det sidste sted på planeten, der ikke er forurenet.

Men Lincoln skal snart indse, at hele hans eksistens er en konstrueret løgn. Han og hans omgangskreds er kloner, hvis eneste formål er – når tiden er inde - at levere reservedele til det menneske, de er klonet af.

Da Lincoln opdager, at det snart er hans tur til at blive at ”hugget op i reservedele”, beslutter han sig for at flygte sammen med pigen Jordan Two-Delta.