I filmen 'Mission: Impossible 2' sendes Ethan Hunt og hans team ud på en næsten umulig mission - de skal opsnappe og ødelægge en dødelig virus, inden den falder i de forkerte hænder.

Ethan Hunt er nu blevet øverste led i IMF (Impossible Mission Force), og det er ham, der rekruterer agenter til de forskellige missioner. Da den tidligere IMF-agent Sean Ambrose stjæler en farlig virus - og dens modgift - og planlægger at sælge den til højestbydende, sætter Hunts chef Swanbeck (Anthony Hopkins) Hunt på en missionen.