I den tredje Matrix-film står Zions beboere overfor den endelige og afgørende kamp mod maskinerne.

Sentinellerne nærmer sig Zion, og truslen om udslettelsen af menneskeheden bliver stadig mere nærværende.

Trinity, Morpheus, Niobe og resten af Zions beboere mobiliserer al deres kraft for at holde maskinerne ude, men kan de kæmpe imod, indtil Neo erkender det fulde omfang af sin magt og gør en ende på krigen?