Fire år er gået, siden vore venner Jay og Kay forhindrede en katastrofe at kosmiske dimensioner og mens Kay har fundet fred med et trygt job i det civile liv, bakser Jay videre med aliens i alle afskygninger under det velfunderede, men særdeles uofficielle Men In Black-kontor, der regulerer al alienliv på jorden.

Jay kommer på sporet af en djævelsk plan udtænkt af det onde kylotiske monster Serleena, der forklæder sig som forførende lingeriemodel. Desværre når han ikke at forhindre hende i at tage hele MIB-bygningen som gidsler, og Jay har kun ét sted at søge assistance, hos Kay.