The Mærsk Opera' er historien om skabelsen af den omstridte københavnske opera. Et værk i tre akter, der tager sin begyndelse i 2005, hvor operahuset skal bygges og Stenhuggeren kontaktes af Assistenten med et ønske om at skabe 'den skønneste sten der er set'. En palet af aktører afbilder intriger, konflikt og magt i den nyere danmarkshistorie. Med elementer fra dokumentar, animation, og æstetisk realisme bringes filmens mangeartede aktører i spil: en ensom meteor, en hund med et halsbånd, et par gestikulerende mandehænder, arbejdsomme myrer, udspringere og en sonisk manipuleret, sort væske.