Men in Black følger agenterne K og J, der arbejder for en tophemmelig organisation, som har til opgave at overvåge alle rumvæseners aktiviteter på Jorden. De to sortklædte mænd havner midt i et livsfarligt plot, der er udtænkt af en intergalaktisk terrorist, som er ankommet til Jorden for at snigmyrde to ambassadører fra modstødende galakser. K og J?s opgave går ganske enkelt ud på at fange rumskurken og forhindre verdens undergang. Og det burde være venstrehåndsarbejde for de to mænd i sort.