John Francis Daley’s største og mest populære rolle finder man i tv-serien 'Bones', hvor han spiller Dr. Lance Sweets, mens nogle kender ham fra tv-serien 'Freaks and Geeks'.

Han er desuden manuskriptforfatter på de populære komedier Horrible Bosses og Horrible Bosses 2 og på animationsfilmen Cloudy with a Chance of Meatballs.

Daley har ikke haft den mest prangende filmkarriere, men spiller dog en mindre rolle i ’Horrible Bosses’.