I filmen 'The Bourne Supremacy' plages Jason Bourne stadig af mareridt om sin fortid som isnende kold lejemorder – en fortid han kun husker i fragmenter.

Nu er han imidlertid blevet ofret i et større politisk spil og for at redde sin ære må Bourne ud på en livsfarlig og skæbnesvanger mission.

'The Bourne Supremacy' er efterfølgeren til The Bourne Identity.