"Funan" fortæller historien om Chou, en ung cambodjansk kvinde, der adskilles fra sin søn Sovanh i de tidlige dage af Khmer Rouge-revolutionen i 1975. 

Som så mange andre, bliver Chou deporteret og sendt til en tvangsarbejdslejr og én efter én bliver hendes kære revet væk fra hende. Hun oplever uretfærdighed, forfærdelse og hjælpeløshed. Hun bliver tvunget til at møde sult, frygt ... og død. Som kvinde, mor og kone må Chou finde styrken til at eksistere og overleve, og for at stå imod de daglige grusomheder under Khmer Rouge-regimet, må hun tvinge sig selv til at lære at være selvsikker. Så får parret, hun danner med sin mand Khuon, en meget bredere dimension. I lidelse og modgang rives de både fra hinanden, genopdager og elsker hinanden og lærer at kæmpe. Sammen.

For at finde den søn, regimet har taget fra hende, er Chou nødt til at blive en helt ny kvinde. Stærkt og beslutsomt finder hun sig selv, og selv om hun savner sin søn og er magtesløs, fortsætter hun utrætteligt. For et sted derude har Sovanh brug for hende.